Botánico, médico, farmacéutico y humanista español, nació en Añover del Tajo en 1740 y murió en Madrid en 1818.
Su tío José Ortega costeó sus estudios, primero en Toledo, Madrid y Barcelona y, posteriormente, en Bolonia, donde estuvo pensionado por el gobierno en 1758, obteniendo el grado de doctor en Filosofía y el de Medicina en el año 1762. Ese mismo año regresó a Madrid donde ejerció como farmacéutico y participó en tertulias literarias. Realizó diversos escritos y herborizaciones en diferentes lugares, posteriormente ocupó la plaza como interino de primer catedrático del Jardín Botánico de Madrid en 1771, que obtuvo por oposición al año siguiente.
Realizó el primer Índice de las Plantas que se han sembrado en el Real Jardín Botánico, enumerando las especies y su procedencia. El Jardín Botánico se encontraba aún en Migas Calientes, fuera de Madrid.
En 1773 el primer medico de cámara e intendente del jardín, Mucio Zona, promovió su traslado al Paseo del Prado, obteniendo para ello la real orden el 23 de julio de 1774. Las plantas se trasladan al centro de Madrid en 1779 y 1780, a lo que contribuyó con celo Ortega. Bajo su influencia se inauguró en 1781 el Jardín Botánico en su ubicación actual, en el Prado.
Se traían plantas vivas de todas partes, incrementando la colección y realizando nuevas herborizaciones. Ortega publicó el Método de desecar las plantas para formar herbarios en 1779 y en 1784 la Continuación de la Flora Española, que completó la obra de Joseph Quer.
Publicó numerosas obras originales y ensayos, no solo de botánica, realizó ediciones notables, como la Historia Plantarum Novae Hispaniae de Hernández, o Philosophia Botanica de Linneo. Colaboró activamente en la Pharmacopea Hispana, Además, tradujo al español numerosas obras de grandes botánicos, como Duhamel o Sage.
Se retiró en 1801, sustituyéndole en el cargo el insigne Cavanilles. Muy a su pesar, pues era bien conocida la animosidad hacia el sucesor, así ha sido recogida en varios escritos que no consiguieron socavar la reputación de su sucesor, pero sí perjudicarse él mismo, recibiendo juicios muy desfavorables, justos o no.