Nacido en Belorado (Burgos) en 1.754, hijo de labradores, aunque emparentado con los duques de Lerena. Estudió latín con el cura de su pueblo, quien aconsejó a sus padres que fuera educado en la corte. Aprendió lógica, física experimental, química y botánica, trabajando al mismo tiempo con su tío Manuel López, boticario. En 1.772 comenzó con Casimiro Gómez Ortega sus estudios de Ciencias Naturales, y especialmente Botánica, en la que pronto destacó.
En 1.777 fue nombrado jefe de la expedición botánica enviada por Carlos III, para recorrer Perú y Chile, junto con José Pavon y el francés Dombey, y los dibujantes José Brunete, que murió allí, e Isidro Gálvez. Llegaron al puerto de Callao en 1.778, comenzando sus excursiones en Lima, con un primer resultado de trescientas especies de plantas secas y doscientos cuarenta y dos dibujos, que remitieron a España.
Continuaron sus excursiones tanto por Perú como por Chile, y de vuelta a Lima enviaron a España en el San Pedro de Alcántara sus colecciones, cincuenta y tres cajones, que se perdieron en las costas de Portugal en 1.786. Por suerte para Hipólito Ruiz, el rey le ordenó permanecer en América, solo se salvo Dombey con sus colecciones, que había salido dos años antes.
Flora Peruana y Chilena (Tomo IV) de Hipólito Ruiz y José Pavón (1957)
Ruiz y Pavon siguieron con sus expediciones, y en 1783 perdieron otra vez gran parte de sus colecciones por un incendio. A pesar de ello, siguieron con su trabajo, enviando a España gran número de cajones.
Regresaron a España en 1.788, dejando allí a su alumno Tafalla y al dibujante Pulgar, que continuaron enviando material. Junto con los cajones, trajeron consigo ciento veinticuatro plantas vivas para el jardín botánico de Madrid. Durante la invasión francesa sufrió molestias y coacciones, aunque le ofrecieron cargos honoríficos. Con la restauración fue nombrado visitador de las farmacias de la corte.
Publicó junto con Pavon la Quinología, y su Flora Peruviana et Chilensis, de la que terminaron tres tomos, de los doce mas suplemento a los primeros cinco, que habían fijado los autores, quedando manuscritos y grabados que se conservan en el Jardín Botánico de Madrid.Hipólito Ruiz publicó el solo diversas memorias, disertaciones y epístolas dejando también manuscritos inéditos, notas y correspondencia con sabios.
Murió en Madrid en 1.816. Fue el hombre más activo e inteligente de los que formaron la expedición de Perú y Chile, bajo su dirección se descubrieron centenares de plantas nuevas, descripciones y dibujos de miles de especies, más de cien cajones de productos naturales y gran número de plantas vivas.