Posteriormente se encargó durante 18 años de la cátedra de filosofía del Colegio de San Fulgencio, en Murcia, hasta que el Duque del Infantado le confió la educación de sus hijos. Cuando en 1777 el noble fue nombrado embajador de la corte en Francia, le acompañó a Paris, donde parece ser que conoció a un anciano sacerdote que hacía investigaciones de botánica en el jardín del palacio que habitaban. A su lado se aficionó al estudio de la botánica, acudiendo además a las lecciones de Antonio Lorenzo de Jussieu. Allí en Paris pronto se dio a conocer como botánico notable, aunque no estuvo exento de detractores, cuyas discusiones dieron pie a diversos escritos, artículos y alguna obra de Cavanilles.
Entre 1791 y 1801 publicó su obra “Icones et descriptiones plantarum” con muchos dibujos realizados por él mismo, que contiene numerosas plantas de la península, y otras recogidas por botánicos españoles, muchas descubiertas por Neé, recién llegado de su viaje alrededor del mundo.
En 1801 le confiaron la intendencia y una cátedra del Jardín Botánico de la corte, sustituyendo a Ortega, jubilado por su avanzada edad, cargo que desempeñó hasta su muerte en 1804. Durante ese corto espacio de tiempo impulsó la enseñanza botánica y tuvo numerosos alumnos que llegaron a ser ilustres.
Legó su herbario al Jardín Botánico de Madrid y a su alumno más querido, La Gasca. A su muerte el Jardín Botánico poseía unas doce mil plantas, que habían sido acrecentadas con las recogidas por Luis Neé en sus viajes, y las suyas propias. En tiempos de Palau solo había mil quinientas siete plantas, según un catálogo manuscrito de la época.
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Frontispicio de una obra de Cavanilles (Centro botánico de Juzbado) |
Cavanilles fue autor de numerosas obras muy consultadas, dio a conocer un gran número de plantas nuevas. Defendió con sumo interés el sistema de Linneo, que modificó para facilitar el estudio de las plantas.