Gaspar comenzó sus estudios bajo la dirección de su padre, de Zwinger y Felix Plater. En 1577 se traslada a Padua donde continúa sus estudios con Guilandini y Mercurialis. Con posterioridad recorre Italia, Montpellier, Paris y las principales universidades de Alemania, relacionándose con los sabios más distinguidos. En 1596 fue nombrado médico de Federico de Wurtemberg, primer profesor de medicina y primer médico de Basilea. Desde 1614 hasta su muerte diez años más tarde, ocupó la cátedra de medicina y botánica de Basilea.
Entre otras grandes aportaciones, se encuentra por primera vez la mención exacta de la patata, que se cultivaba como curiosidad en los jardines, y citó nominativamente al pequeño número de aficionados que la cultivaban. La colocó con sagacidad en la familia de las solanáceas, dándole el nombre de Solanum tuberosum esculentum, a la que Carlos Linneo nominó posteriormente como Solanum tuberosum.
Publicó numerosas obras, entre ellas destacan “Phytopinax seu Enumeratio Plantarum”, y su obra capital “Pinax Theatri Botanici …” (Basilea 1596) en la se encuentran las primeras tentativas de una clasificación natural de las plantas. Después de ella, llegó a proyectar otra obra “Theatrum botanicum” que debía consistir en 12 partes, de la que solo hizo tres y se publicó una.
Además de un compilador sagaz, trató de aportar un orden en la taxonomía botánica, introduciendo nomenclaturas que fueron aceptadas hasta mucho tiempo después. Se propuso reunir en una sola obra todo lo escrito hasta entonces sobre las plantas, y hacer concordar los nombres dados a la misma planta por los diferentes autores, trabajo al que consagró más de 40 años.
Fue uno de los botánicos de primer nivel de su siglo. A él se le debe la introducción de la nomenclatura binomial en la taxonomía, que más tarde sería adoptada por Linneo.